V roku 1992 založil spolu so Šimonom Pánkom neziskovú organizáciu Člověk v nouzi, ktorá sa neskôr stala jednou z najvýznamnejších humanitárnych a ľudskoprávnych inštitúcií v Českej republike.
Hoci v minulosti bol členom Komunistickej strany Československa, po invázii vojsk Varšavskej zmluvy v roku 1968 zo strany odišiel a postupne sa stal výrazným kritikom totalitného režimu. Politicky sa angažoval od roku 2004, kedy bol ako nestraník zvolený do Senátu za Stranu Zelených. V hornej komore parlamentu pôsobil desať rokov a výrazne sa angažoval proti pôsobeniu komunistickej strany v politike.
Medzi najemotívnejšie momenty jeho života patrila účasť na protestoch na ukrajinskom Majdane v roku 2013. „Horúce dni na Ukrajine som prežíval priamo na Majdane v epicentre protestov. Keď začala streľba, pomáhal som ošetrovať ranených,“ spomínal sám Štětina.

Po tom, čo Rusko anektovalo Krym, označil tento čin za „brutálnu agresiu jedného štátu proti inému“. Svoju kritiku ruskej politiky zopakoval aj po februári 2022, keď ruská armáda napadla Ukrajinu. V rozhovore pre Mladú frontu DNES vtedy povedal, že „Putinova politika je zločinná“ a dodal, že svet podcenil ruského prezidenta.
V roku 2014 sa presunul do Európskeho parlamentu, kde ako člen TOP 09 pôsobil až do roku 2019. V roku 2024 sa opäť prihlásil do verejného diania, keď spolu s bývalým senátorom Martinom Mejstříkom navrhol legislatívny zákaz komunistickej ideológie. Rovnaký návrh podali už aj v rokoch 2006 a 2008, avšak vtedy zostal bez väčšej politickej odozvy.